数据挖掘研究院( China Data Mining Research ,ChinaKDD)

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   blackswift (swift) 于  (Fri Oct 14 20:51:51 2005)  提到:

作为计算机系的学生

如果以后想做这个方向的话

本科除了算法、数据库、数据挖掘这些计算机专业知识，

在生物学方面应该怎样准备？

小弟是计算机系的，很想接触一些bioinfo这方面的东西，请各位大牛给点建议。


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   heackl (阿土) 于  (Fri Oct 14 21:12:19 2005)  提到:

我不是牛人，呵呵

我觉得生物可以看看普通生物学，对生物有个认识，
然后学学gene8, 如果有兴趣的话。因为现在生物信息
搞基因组这一块研究的挺多的。

当然如果对生物真的非常感兴趣可学的书还有挺多的，
比如表达谱分析方面的书就可以看看

计算机方面我觉得本科学学模式识别、统计方法、机器学习都挺有用的。

然后要是对R, matlab, perl&bio-perl这些有空去了解一下就更好了。

是不是说得太多太杂了？欢迎高手指点一下！






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   zerobug (白开心) 于  (Sat Oct 15 01:02:52 2005)  提到:

生物：普通生物学 + Cell
Gene后面写的有点乱
要是想做进化的话，再看看fundmental molecular evolution

数学：统计（尤其是多元统计）、概率
信息论
线性代数也可以看看

计算机理论：模式识别、人工智障（特别是ANN）
数据库有空可以看看OR、OO之类的
软件工程蛮有用的

扑慊?滴瘢?br /> perl、java、c++至少会一个，有空建议再看看shell script
php/jsp选一个
mysql要熟
linux是主流操作系统，当然会solaris更好
常用的数学软件R、octave
matlab其实并不太好用，尤其是它的那个bioinformatics kit





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   cloudd (流氓理想主义者) 于  (Sat Oct 15 01:26:03 2005)  提到:

研究生也够了吧!!



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   heackl (阿土) 于  (Sat Oct 15 12:12:45 2005)  提到:

呵呵，个人认为zerobug列的内容把做分析
和做工程的事情混在一起了，比如软件工程，
jsp, php这几个东西就太工程一点了吧。
我感觉如果是要做研究的话这几个东西不是重点。
如果说错了，请zerobug指教，谢谢






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   edgepond (edgepond) 于  (Sat Oct 15 14:08:49 2005)  提到:

sp.. zerobug天才地预见了所有bioinfo可能需要的知识 ^^，阿土从实践的角度让新兵们颤抖得快要破碎的心灵重新充满勇气... 我觉得CS的同学有必要先认真读一下bio相关的书籍，达到能看懂bio paper的地步，然后再进一步有目的地学习更专业的知识；因为bioinfo深做下去方法差别很大：Genome datamining 对算法的要求比较高；Affimetrix/SAGE analysis的话，需要对inference theory比较熟悉；Computational structural bio，可能要用到比较深的statistical modeling 甚至 数学知识 (做MD的话..)；另外假如涉及到预测，就要用到各种模式识别方法了，还有 immunology, compuational neuro.. etc..etc.. 每一部分都够花一个ph.d的时间了..

不过我不是CS背景，而且也是newbie，估计也说不太准。我本科是 Bio，走过的历程是 bio -> basic algorithm -> simulation algorithm -> statistical (basic and modelling)；抛砖引玉，大家都是怎么走过来的？






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   zerobug (白开心) 于  (Sat Oct 15 15:27:34 2005)  提到:

en，其实我说的也只是我用的比较多的东东……
原post问得是“计算机专业”的学生
我本科是数学/计算机，后来转来做生物信息
现在主要做表达分析和比较基因组，也做过一点分子进化的东东

就我的感觉来说，我觉得数学，特别是基本的统计，应该算是基础理论
懂了这些，再加上些基本的算法
对付一般的问题就有了一个够用的工具箱
具体的领域里
特定算法可以不同
但道理都是一样的

而计算机则是一个非常重要的工具
懂了软件工程，可以帮你快速而稳定的建立起自己的工作平台
也可以让你能很快地了解到其它大型软件（如bioperl, biojava之类的）的结构，很快掌握它
至于php/jsp，花点时间学会了
至少做个网站不用再去求人了
同时，这些对于一个计算机背景的学生来讲
应该都不是很困难的事情






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   edgepond (edgepond) 于  (Sat Oct 15 15:42:14 2005)  提到:

完全同意，深有同感：假如我懂软件工程的话，用bioper biojava这些冬冬应该会更有效率。但就因为没这个基础，所以理解起来很不容易，也看不太懂，大多数时候只能自己写code。






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   zerobug (白开心) 于  (Sat Oct 15 15:52:33 2005)  提到:

hehe，还好了
其实找本软工方面的书随便看看
对一些常用的设计模式有点概念
不需要花太多时间
会对自己的工作方便很多





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   bioyzq (不要昵称) 于  (Sat Oct 15 16:02:23 2005)  提到:


 能够自如的自己写code已经很牛了呀





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   bioyzq (不要昵称) 于  (Sat Oct 15 16:05:18 2005)  提到:



  这个……不是每一个人都有你那么有  self-motivation的




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   zerobug (白开心) 于  (Sat Oct 15 16:20:57 2005)  提到:

猪啊……不好好洗衣服，上来关税？





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   edgepond (edgepond) 于  (Sat Oct 15 16:56:06 2005)  提到:

比你们差远了..






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   chevalier (burn myself to warm her) 于  (Sat Oct 15 18:37:32 2005)  提到:

老大
申请版主吧




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   edgepond (edgepond) 于  (Sun Oct 16 09:08:58 2005)  提到:

我心有余而力不足..实在没精力，况且xmly和inte11ect已经申请斑竹了 ：)

ps. 看到你的绿衣mm了，艳福齐天啊!! 你怎么不继续作bm乐？专心泡mm?






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   lylover (龙五 & 十才是目标) 于  (Thu Oct 20 21:20:13 2005)  提到:

抓住一个看就行了。刚开始看不了那么多的。我最近在看生物化学和一本微生物的书/

我不是牛人，呵呵

我觉得生物可以看看普通生物学，对生物有个认识，
然后学学gene8, 如果有兴趣的话。因为现在生物信息
搞基因组这一块研究的挺多的。

当然如果对生物真的非常感兴趣可学的书还有挺多的，
比如表达谱分析方面的书就可以看看

计算机方面我觉得本科学学模式识别、统计方法、机器学习都挺有用的。

然后要是对R, matlab, perl&bio-perl这些有空去了解一下就更好了。

是不是说得太多太杂了？欢迎高手指点一下！






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   lylover (龙五 & 十才是目标) 于  (Thu Oct 20 21:24:43 2005)  提到:

good!
很好的推荐。